A FAI-UFSCar têm preocupação constante em prestar contas de suas atividades para a sociedade. Assim, além do relatório anual de atividades, submete-se todo ano a um processo de auditoria externa que verifica a contabilidade da Fundação e, eventualmente, tem suas atividades analisades por órgãos de controle e fiscalização, como TCU, TCE e CGU. Dentro desse contexto, recentemente, a Fundação passou por um processo de análise de sua relação com a UFSCar e da adequação de seu portal de transparência ao Acórdão 1178/2018 do TCU, ambas ações realizadas pela Auditoria Interna da UFSCar. Apesar de ter que realizar algumas melhorias, o relatório preliminar da Auditoria Interna da UFSCar fez uma boa avaliação da FAI-UFSCar:
"Nota-se que a Fundação de Apoio adota ferramentas necessárias ao atingimento da transparência mesmo antes da Publicação do Acórdão 1178/2018, que originou a presente auditoria. Tal fato demonstra o comprometimento da Fundação em executar da melhor forma possível as atividades atinentes ao seu relacionamento com a Universidade."
A Diretoria da FAI-UFSCar reafirma seu compromisso de agir de forma transparente e procurará implementar as melhorias sugeridas pela Auditoria Interna da UFSCar para o Portal de Transparência o mais rápido possível.